VMDを使って分子データの可視化を行っている場合は、Obj形式、もしくはVRML形式のファイル出力をご利用ください。
また、アニメーションを作るには、Tclスクリプトを利用して、連番ファイルを作成します。
詳細は以下のドキュメントをご参照ください。
（以下のファイルには、サンプルの3Dデータが含まれています。3Dのビューを見るには、ファイルをダウンロードしてご参照ください。）

VMDによる分子データの3DPDF化.pdf