VMDを使って分子データの可視化を行っている場合は、OBJ形式、もしくは、VRML形式のファイル出力をご利用ください。また、アニメーションを作るには、Tclスクリプトを利用して、連番ファイルを作成します。

詳細は以下のドキュメントをご参照ください。
（以下のファイルには、サンプルの3Dデータが含まれています。3Dのビューを見るには、ファイルをダウンロードして、Acrobat Readerで表示してください。）

VMDによる分子データの3DPDF化.pdf（2025年1月30日更新）