PyMOLを使って分子データの可視化を行っている場合は、VRML形式、COLLADA形式、もしくは、glTF形式のファイル出力をご利用ください。また、アニメーションを作るには、Pythonスクリプトを利用して、連番ファイルを作成します。

詳細は以下のドキュメントをご参照ください。

PyMOLによる分子データの3DPDF化.pdf（2025年2月14日更新）