MicroAVSで可視化した結果をVRMLファイルに保存するには、ファイル・メニューのデータの書き込み機能を利用します。また、時系列データから連番のVRMLファイルを作成するには、スクリプト機能を利用してください。
詳細は以下のドキュメントをご参照ください。
その他、MicroAVSの現バージョン V22.0 Rev.A では、一部パーツ名の文字化けやパーツが細分化されてしまう問題があります。それらの回避方法についても説明しています。

MicroAVSによるPDF3D用データの作成.pdf