AVS/Expressで可視化した結果をVRMLファイルに保存するには、OutputVRMLモジュールを利用します。AVS/Expressではチャンクと呼ばれる機能でレンダリングのためのデータを細分化しています。3D PDFを作成する際には、このチャンク機能をオフにしてください。
詳細は以下のドキュメントをご参照ください。

AVSによるPDF3D用データの作成.pdf（2021年7月29日更新）